Dipende cosa vuoi fare, io avevo capito che eri su Dischi separati, puoi fare un Immagine per Sicurezza e poi usare il comando per convertire il Sistema in GPT.
Linux è un discorso diverso se installato MBR va prima attrezzato per l'avvio GPT e poi creare un avvio UEFI e vedere che effetto fa, dipende molto dalla distribuzione usata, io lo reinstallerei UEFI anche per un discorso di completezza, non si ottine mai altrimenti un risultato al 100%.
Windows invece se non si usa il comando di conversione e bene trasferirlo su un altro Disco, appunto GPT, una volta completato uno poi lo redistribuisce dove vuole...