Difficile capire cosa combini, se lo schema è corretto installa, se la parte MBR Ibrida è pasticciata può comportarsi in quel modo, se l'installer di WIndows UEFI non installa c'è qualcosa di anomalo, altrimenti come da Guida avanza.
Cmq se usi un solo Disco e sei su questa Guida, sarebbe utile avere due EFI ESP, Windows installato su un disco singolarmente e poi backuppato, per poi riversarlo dopo OS X...
Anche pasticciato, se usi la tecnica del Ripristino funziona lo stesso...