In alcune Situazioni può accadere che l'aggiornamento di Grub verifichi e riposizioni la Entries al primo posto, come accade con un installazione vera e propria, ma singolo disco o multidisco potrebbe cambiare poco (uso sempre il condizionale) si tratta di una scelta/verifica dell'aggiornamento, io aggiorno poco ma ultimamente nn l'ho visto fare, a volte anche tenere solo una Entries selezionata e le altre disabilitate potrebbe aiutare, cmq problema da poco, aggiorni e riposizioni.
Riguardo al motivo, con una singola EFI c'è il vantaggio di nn oscurare Clover, con più EFI o Multidisco non c'è una necessità, si tratta di sfruttare una possibilità in più o comunque nei MultiBoot meno cose metti in essere e meno problemi hai...