Spostando la cartella nella EFI di Clover se fai una pulizia delle Entries perdi il Boot di Clover, a quel punto devi rinominare il file di Boot di Windows per mascherarlo ecc, basta ricordarselo, alla fine non è un grosso problema...
Probabilmente il fatto che parta Clover con Windows al primo posto e che avendo spostato la cartella quella Entries c'è ma non è più funzionate, passando alla successiva, appunto quella di Clover.
Sinceramente questo problema non l'ho mai visto fare, puoi fare delle prove per approfondire, tipo disabilitare l'avvio veloce, provare a eliminare la cartella Boot dalle EFI di Windows quando questo si trova nello stesso Disco di installazione