Sì, Quick Sync riguarda la scheda video integrata, non la CPU.
Riguardo al carico di lavoro su CPU e GPU, tutto dipende da cosa sta facendo FCPX in quel momento.
Non mi intendo di editing video, ma mi intendo di programmazione su GPU e posso solo garantirti che non tutti gli algoritmi sono parallelizzabili. Non so se nel tuo specifico caso, questo stress sulla CPU è normale oppure no.
Se attivi l’integrata, sblocchi sicuramente H264, ma non HEVC. Ricordati di adattare il config.plist, perché al momento stai iniettando proprietà delle integrate Skylake.
Prima sistema la EFI, nel caso, successivamente si può fare un tentativo con iMacPro come SMBIOS e la iGPU disabilitata.