mmmm faccio ipotesi, non ho certezze... da win8 è stata introdotta una modalità che windows chiama avvio rapido, che con l'hardware attuale è una fesseria cosmica e causa problemi a chi ha sistemi multiboot e cioè quando tu vai per spegnere windows, questi non si spegne ma va in una sorta di ibernazione in modo da avviarsi immediatamente quando pigi il tasto di accensione; se uno non la disabilita volutamente, questo è quanto avviene per impostazione prdefinita. L'ipotesi consiste che tu fai l'immagine di un sistema in ibernazione che poi clonato non riesce a riavviarsi; causa software per il cloning o altro non saprei.
Puoi provare ad impostare nel BIOS se lo vede, l'avvio diretto del windows in questione. Se non funge puoi ritentare con i comandi da terminale per ripristinare il boot uefi avviando con la USB che hai usato per installare questo windows.
Al momento altre idee non mi vengono... ma tu devi fare delle prove preventive con altri dischi o con quello in uso e devi cercare di capire dove stà l'inghippo, se un tuo errore, del software del fast boot etc... altrimenti tutte le volte sei sempre punto e a capo :(