Di solito non ci sono problemi a riflashare dopo che si usa un firmware "manomesso" ma non ho ben capito, le voci che non trovi le avevi prima in quel bios patchato ?
Comunque se la mobo lo prevede flasha da dentro al bios direttamente, più che usare un flasher esterno dalla chiavetta per capirci, che sicuro e meglio, al limite prima prova a fare un backup di quello esistente e vedi se la procedura termina correttamente.
Se comunque leggi le specifiche del bios patchato dovrebbe esserci scritto se non è possibile poi tornare indietro a versioni originali, ma non credo.
EDIT:
Mi sono andato a vedere il sito Asus cosa riporta per questa Mobo, se non ho fatto cavolate l'unica versione al momento disponibile del bios è proprio la versione 3603 che è quella che hai adesso installata , quindi non ha senso riflasharci sopra la stessa versione, a meno che non hai rimediato una precedente versione, in questo caso non tutte le mobo accettano un flashing di versioni precedenti rispetto a quella in essere, devi eventualmente provare al limite ti dice che non è possibile flashare quella versione.