Un semplice cambio di Chassis non dovrebbe generare simili problematiche, a meno ché:
1. Sei soggetto a scariche elettrostatiche per natura e hai toccato la mainboard e i vari componenti senza protezione (braccialetti, toccare la massa prima di operare e accorgimenti simili);
2. Hai cacciavitato o comunque danneggiato la mainboard interrompendo qualche pista senza accorgertene, graffiandola o appoggiandola su qualcosa di appuntito;
3. Hai dei cortocircuiti legati a distanziatori che non vedi o alla scheda video che tocca qualche parte metallica;
4. Hai divelto qualche pin della CPU se l'hai tolta e rimessa.
La prova maestra è smontare tutto, rimontare un pezzo alla volta su una superficie di cartone (tipo la confezione della mainboard) e testare il solo Windows per bene. Quando tutto è stabile e funzionante rimontare il tutto nello chassis stando attenti a eventuali contatti.
Se non risolvi ancora dopo aver sostituito la pila per la CMOS con una sicuramente carica / nuova prova a riflashare il bios completamente da zero da DOS, non da Flash Utility del BIOS; infine controlla i pettini degli slot pci express, non vorrei che qualcosa sia stato manomesso forzando l'installazione della GPU: può capitare in condizioni di scarsa luce o di fretta.
SOLO ALLORA potrai dire MOBO "andata", almeno secondo me!